Untuk memudahkan perlindungan dan pemeliharaan sungai, Daerah Aliran Sungai atau DAS dipetakan berdasarkan Wilayah Sungai (WS).
Wilayah Sungai ada yang disebut Wilayah Sungai Lintas Negara, Wilayah Sungai Strategis Nasional dan Wilayah Sungai Lintas Provinsi. Ketiga Wilayah Sungai ini menjadi kewenangan Pemerintah Pusat dikelola oleh Balai Wilayah Sungai (BWS) atau Balai Besar Wilayah Sungai (BBWS), Direktorat Jenderal Sumber Daya Air, Kementerian Pekerjaan Umum.
Pulau Jawa memiliki 24 wilayah sungai, terdiri dari 6 WS Lintas Provinsi, 4 WS Strategis Nasional, 11 WS Lintas Kabupaten/Kota, dan 3 WS Di Satu Kabupaten/Kota saja.