Jayapura (BHC) - Daerah Aliran Sungai atau DAS di Wilayah Papua dikelola oleh Balai Wilayah Sungai (BWS) Papua di Kota Jayapura, BWS Papua Barat di Manokwari dan BWS Papua Merauke di Provinsi Papua Selatan.
Ada 5 Wilayah Sungai di Papua dengan 317 DAS semuanya merupakan Kewenangan Pemerintah Pusat. 2 dari 5 WS tersebut merupakan Wilayah Sungai Lintas Negara, yaitu WS Mamberamo-Tami-Apauvar dan WS Einlanden-Dikul-Bikuma.
WS Omba adalah Wilayah Sungai Lintas Provinsi dan WS Kamundan-Sebyar adalah Wilayah Sungai Strategis Nasional. Sementara WS Wapoga-Mimika tercatat sebagai Wilayah Sungai Lintas Kabupaten/Kota. Hal ini karena penetapannya Provinsi Papua Tengah, Provinsi Papua Pegunungan, Provinsi Papua Selatan dan Provinsi Papua Barat Daya belum dibentuk.